Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов вируса иммунодефицита человека 1-го типа (ВИЧ-1), циркулирующих в России, 1987-2003 гг. тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, доктор биологических наук Казеннова, Елена Валерьевна

Оглавление диссертации доктор биологических наук Казеннова, Елена Валерьевна

Введение 6 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава 1. Структурно-функциональная организация генома ВИЧ-1.

Глава 2. Подтипы ВИЧ-1: классификация, происхождение и распространение.

Глава 3. Особенности генетической изменчивости ВИЧ-1.

Глава 4. Развитие эпидемии ВИЧ-инфекции в России. 57 СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Глава 1. Материалы и методы.

1.1. Бактериальные штаммы.

1.2. Питательные среды.

1.3. Определение концентрации жизнеспособных клеток Escherichia colL

1.4. Приготовление компетентных клеток Escherichia coli и трансформация их препаратами плазмидной ДНК.

1.5. Выделение плазмидной ДНК.

1.5.1. Препаративное выделение плазмидной ДНК.

1.5.2. Выделение аналитических количеств плазмидной ДНК.

1.6. Гидролиз ДНК с использованием специфических эндонуклеаз.

1.7. Получение рекомбинантных молекул in vitro.

1.7.1. Подготовка вектора pUC18 для лигирования.

1.7.2. Подготовка амплифицированных фрагментов для лигирования. 70 1.7.3. Лигирование фрагментов ДНК.

1.8. Иммуноферментный анализ (ИФА).

1.8.1. Анализ наличия антител к ВИЧ-1.

1.8.2. ИФА сывороток и плазмы крови с применением ВИЧ-1-субтип-специфических пептидов.

1.8.3. Сенсибилизация планшетов.

1.8.4. Ход иммуноферментного анализа.

1.8.5. Регистрация и интерпретация результатов.

1.9. Выделение и лизирование лимфоцитов крови. 73 1.9.1. Выделение лимфоцитов методом центрифугирования в градиенте плотности фиколла.

1.9.2. Выделение и лизирование лимфоцитов, полученных из цельной крови («быстрый» метод отмывки лимфоцитов).

1.9.3. Выделение лимфоцитов методом «быстрой отмывки» с предварительной концентрацией клеток.

1.10. Забор крови и получение образцов плазмы крови для исследований методом ПЦР.

1.11. Выделение РНК ВИЧ-1.

1.12. Рестрикция ДНК pUC18 Нра II